Dès l'époque gallo-romaine, Bessay connait une occupation importante ainsi que l'atteste les vestiges d'un oppidum et le passage d'une voie romaine vers le lieu dit "Les billards".

Au Moyen-Âge, la paroisse est groupée autour de l'église.

                                                  

Une chartre de 1096 évoque la présence d'un officier rendant la justice au nom des seigneurs de Bourbon. En 1105, un prieuré est signalé à Bessay en tant que dépendance du prieuré de Saint-Pourçain. L'installation au milieu du XIIIème siècle de Guillaume de Bourbon, fils d'Archimbault VIII, issu de la branche dite de Bessay favorise le développement de la commune. Au pied de la Motte Saint- Paul, siège du château et de la chapelle seigneuriale, détruits depuis, un faubourg se constitue.

La présence dès le XVIIème siècle d'un régisseur agricole atteste l'implantation d'un relais de poste qui confirme l'importance de Bessay, par ailleurs placé sur le trajet des itinéraires royaux.

La paroisse devient commune à la révolution et acquiert sa configuration définitive en 1802 par sa réunion avec la paroisse de Neuglise et l'adjonction du Roussat.

Bessay devient Bessay-sur-Allier  par décret du 3 avril 1955.

                                                 

Pour les passionnés d'histoire, l'ouvrage de René Germain : "Chartes de franchises et Fortifications au duché de Bourbon" peut être consulté en mairie. Ce livre permet de comprendre la naissance des villages ou des communes et fait mesurer l'importance des premières libertés dans l'émancipation des hommes.